2021年结直肠癌分子检测高通量测序中国专家互信发布,要点一览!

2022-01-17 05:01:23 来源:
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交胃癌在我国的遭遇率呈大幅度飙升的趋势,世 界内卫生该组织国际癌症研究机构(International Agency for Research on Cancer,IARC)由此可知本显示,我国 2020 年交直 伤寒情严重的新发伤寒例数为 56 万例,因交胃癌死亡伤寒例达 29 万例 。 约 25%的交胃癌伤寒症在诊断时已出现远 所在位置分散,此外,25%的伤寒症在外科手术流程中都遭遇分散,中都后期 伤寒症预后很差,5 年生存率欠缺 15%。 分子标志物警政署 标定是配对抗伤寒毒外科手术获益人群的必要条件,近年来随着警政署标定 技术的飞速发展,大分子标定序,也称为早先标定序( next generation sequencing,NGS),因其在通量、成本及效率 等特别的接收者化优势,在性疾伤寒警政署标定中都显露出越 来越开阔的可不用从前景。 然而 NGS 警政署标定技术处理流程复杂, 对科学实验环境条件、人员能力及质量管理要求高,任何 一个环节出现问题,均会阻碍警政署标定交果的准确度,进而阻碍针灸管理者。

为保证针灸门诊工来作的准确度和准则性,本认同由针灸医师交合交胃癌实际门诊均期望发起,业内诸多警政署标定公司参与,伤寒理及警政署验专家指导,从交胃癌 NGS 警政署标定的针灸角度及科学实验处理流程质控角度一同起草中都国专家认同,以指导 NGS 警政署标定技术在交胃癌门诊中都的准则可不用。

1,生物标志物在交胃癌中都的针灸意涵

在此之从前较具体的伤寒情严重特别性疾伤寒哮喘主要有 3 类:Lynch 接收者化征、家族性腺瘤肉伤寒 ( familial adenomatous polyposis,FAP)和白斑鳞状伤寒(P⁃J 接收者化征)。 同时《中都国针灸学会 ( CSCO) 交胃癌门诊简要 2020 初版》 针对性疾伤寒交胃癌筛查和遗传物质诊断制定了原则。

FAP 自荐完成 APC 外显子标定序/片断缺失标定序,有遗传物质突变提示 FAP 或振荡基准型 FAP(AFAP);无遗传物质突变 则自荐行 MUTYH 外显子标定序 / 片断缺失标定序,有突 变提示 MUTYH 特别鳞状伤寒(MUTYH⁃associated pol⁃ yposis,MAP)。 对于无任何已知的鳞状伤寒接收者化征遗传物质 的致伤寒性遗传物质突变,首选多性疾伤寒警政署标定,多遗传物质 Panel 可不以外所有鳞状和交胃癌特别遗传物质。

交胃癌中都少用 TMB 判读步骤及警政署标定范围内汇总

TMB 警政署标定有助于帮助配对免疫外科手术潜在获 益的伤寒症,显著强化中都后期恶性伤寒症的客观缓 解率和总生存期。 MSI⁃H/dMMR 一般而言也特别是在 TMB⁃H,MSI⁃H 由此可知品中都有约 83%备注现为 TMB⁃H,且有 97%的由此可知品 TMB≥10 Muts/ Mb。 在针灸研究和实践流程中都,TMB 的指标判读基准 在相同癌种中都普遍存在差异,而相同抗伤寒毒标定序 Panel 的 TMB 警政署标定体系间 TMB 阈值不能通用。

伤寒症制定特别外科手术方案的流程,交合交胃癌生物标志物特别针灸意涵,敦促警政署标定来作如下自荐 :

2,由此可知品所在位置理及转运

FFPE 由此可知品为保证大分子质量,外科手术或解剖

该组织可不在离体 30 min 内冰水到 100 ml 的 4%甲 羧酸混合物中都完成单独,暂免适用碱性及含有重金属 离子的单独液。 其中都,大标本单独短时间为 6 ~ 48 h,不超过 72 h;小解剖体可单独 6 ~ 12 h。 对 其中都 1 张 FFPE 由此可知品完成切片染色,并在透镜 下注意到细胞的所含和数量。 若所含不 足,则科学实验均需要对通过富集后完全符合质量要求的 标本完成指标,或者合成成 FFPE 细胞学蜡块后 完成大分子抽取。 值得注意的是,开展 NGS 警政署标定从前 可不通过 HE 染色指标细胞所含,至少满足肿 瘤细胞所含在 20%以上。

外科手术或解剖的可口该组织由此可知品

可口该组织可抽取到高质量的大分子。 可口该组织可不在离体 30 min 内 将其保存于从外部罐或者-80 °C 微波炉内中都,消除 RNA 等 大分子水解。 如均需指标细胞所含,可采行冷冻切 片DNA步骤,若细胞所含欠缺,可通过标记 范围内完成富集。 可口该组织可在从外部、-80 °C 冰 箱内或防腐剂中都长期保存。

血浆由此可知品

对于普遍存在于血浆中都的重复 DNA, 即 ctDNA,取由此可知时可适用特别设计的 ctDNA 保存管采血, 采血后轻柔颠倒 8 ~ 10 次,确保采血管中都的 ctDNA 保存液与血浆更好混匀,过道温转运保存即可,不准 冻融血浆;抵达科学实验后,分离血浆,抽取游离 DNA[26] 。 也可适用一次性 EDTA 抗凝真空采血管, 采集 8 ~ 10 ml 全血,冷藏运翻,2 h 内分离血浆,提 取游离 DNA,如均需保存,恳请置于-80 °C 微波炉内中都,并暂 免有规律冻融。

由此可知品运载准则

放基准操来作准则( SOPs) 以确保运载流程中都各类由此可知 本的安全性和流程的可控性(详见第 4 节)。 石蜡 材料可以过道温运翻,血浆由此可知品均需要在干冰条件下运 翻,大分子由此可知品均需在 4 °C或冷冻条件下运翻。

3,调查报告说明及基准堆栈

NGS 针灸调查报告包涵段落

遗传物质警政署标定的针灸报 告不可不以外:(1)典范接收者:科学实验旧名、实验操 来作人员、调查报告查核人员、联系方式。 (2)受警政署者的 必要条件接收者:可不以外受警政署者名字、性别、出生日期、 接受警政署标定的日期、警政署标定的目的和受警政署者的针灸指 征等。 (3)由此可知品的接收者:由此可知品类基准型,如 DNA、外周血、口腔、可口该组织、FFPE 该组织等;采集短时间和采 集部位、由此可知品编号、放警政署短时间、警政署标定调查报告短时间和由此可知 本主要质控可能,如 DNA 质量指标以及标定序质 量指标等。 (4)警政署标定项目:遗传物质 Panel 的警政署标定位 点及 警政署 标定 范 围、 警政署 标定 仪 支架、 警政署 标定 试 剂, 是 可否 为 NMPA 首肯适用的警政署标定还原剂以及 NMPA 获批的 遗传物质底物接收者,或科学实验自建警政署标定( laboratory de⁃ veloped tests,LDTs) 还原剂、警政署标定步骤、警政署标定范围内、警政署 标定下限(LoD)等。 (5)警政署标定交果及遗传物质突变说明:对 遗传物质遗传物质突变的警政署标定交果完成说明,如警政署出的遗传物质 基准型、遗传物质突变交果、DNA转变可能、警政署标定交果的致伤寒 性级别、药物接收者及针灸意涵、遗传物质突变说明引用的 概述典籍等。 (6)标有警政署标定步骤的科学实验在表面上验 证交果,警政署标定局限性及局限性,再进一步警政署标定的 敦促。

遗传物质遗传物质突变的命名

对遗传物质遗传物质突变的描述可不遵循 一定的原则和准则,自荐适用有机体线粒体遗传物质突变协会 命名简要(www.hgvs.org),核糖体本的选择敦促采行遗传物质座概述线粒体序列目录( Locus Reference Ge⁃ nomic, https:/ /www.lrg⁃sequence.org) 界内定的核糖体本或者多个国际目录相提并论的主要核糖体本。 对性疾伤寒交胃癌特别遗传物质遗传物质突变的说明,敦促以加拿大药理学遗传学大学( American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG;https:/ / www.acmg.net)简要为基准,在警政署标定交果中都列出具体的遗传物质突变底物接收者,以外遗传物质旧名、所概述的有机体线粒体初版本号、核糖体本概述序列初版本号、残基遗传物质突变、遗传物质突变、外显子 / 内含子序号、等位遗传物质杂合性、DNA编号及极坐标等等。

针灸意涵的说明和批注

对于体细胞遗传物质突变,采行级别所在位置理的方式 接收者化特别是在诊断、针灸简要、目录或典籍论据,可 以将体细胞性疾伤寒分别为针灸意涵具体(I 级)、有潜在针灸意涵(II级)、针灸意涵不具体(III 级) 和良性或可能良性遗传物质突变( IV级) 。 科学实验均需要创建界内定及级别和调查报告的 SOPs,SOPs 可不至少以外两 个特别:(1) 对体细胞性疾伤寒完成级别的处理流程; (2)在日常警政署标定中都调查报告哪一级或哪几级遗传物质突变底物。 级别的处理流程可不有纪录,以外论据来源的简要、典籍、 目录、论据一般来说、级别交果等。 针灸论据决定突 变底物级别,可根据《大分子标定序技术针灸准则化 可不用沈阳专家认同》发备注的体细胞遗传物质突变底物和临 床论据分别为一般而言 4 级。

对胚系遗传物质突变的警政署标定

除了中都外门诊简要及 重要概述典籍外,尚有 Online Mendelian Inheritance in Man (http:/ /omim.org)和加拿大 ACMG 可概述。 ACMG 简要将遗传物质突变底物致伤寒性的一般来说分别为致伤寒、有误 似致伤寒、针灸意涵未明、有误似良性和良性 5 个一般来说。 调查报告中都可不列出与性疾伤寒交胃癌(如 FAP、Lynch 综 合征等)特别的致伤寒以及有误似致伤寒遗传物质突变,并对遗传物质突变 的致伤寒性完成分析说明[28] 。

意涵相符底物的所在位置理

无论是体细胞 遗传物质突变,或是胚系遗传物质突变,都普遍存在意涵相符底物。 实验 过道均需制定特别政策用来确定是可否调查报告或者不调查报告 针灸意涵相符的底物,并附上说明和概述目录, 并且要在调查报告中都注明本科学实验出具针灸调查报告的 规则。

DPYD 警政署标定交果

中都等糖类基准型伤寒症,可不基于 活性以此类推降较低起始剂量;迟糖类基准型可不暂免适用氟尿嘧吡啶 吡啶及其从前体药物。 UGT1A1 警政署标定交果中都,UGT1A1∗28 和∗6 为纯合遗传物质突变基准型或双杂合遗传物质突变基准型的伤寒症可不降较低 伊立替康的剂量,自荐剂量为 150 mg / m2 。

较低丰度遗传物质突变交果的所在位置理

对由此可知品完成 NGS 警政署 标定时如出现较较低丰度的遗传物质突变交果( 一般而言该组织学由此可知品较大于 5%,血浆由此可知品较大于 1%或较大于警政署标定 LoD)时,建 商议接收者化指标 NGS 实验和平台性能、标定序剖面以及 细胞%-等因素接收者化再考虑。 特别对于抗伤寒毒外科手术常为 关的遗传物质敦促适用其他警政署标定步骤完成再进一步解析 确认(如 Sanger,dPCR 等)。

怀疑决定

敦促提供伤寒症手写或者网络初版的怀疑书。

调查报告堆栈

科学实验可不根据警政署标定项目,给出对可不 的警政署标定调查报告堆栈(备注 7),并形成 SOP 文件。 堆栈中都 可不具体列出警政署标定调查报告中都可不提供的接收者,如伤寒症必要条件 接收者、由此可知品接收者、警政署标定接收者、警政署标定交果、交果说明、实 验过道接收者、警政署标定步骤的局限性以及其他段落等。

独有出所在位置

中都国抗癌协会抗伤寒毒外科手术专业委员会.交胃癌分子警政署标定大分子标定序中都国专家认同 .针灸学时代周刊 2021 年 3 月第 26 卷第 3 期 Chinese Clinical Oncology,Mar. 2021,Vol.26,No.3

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