2021年结直肠癌分子检测高通量PCR中国专家共识发布,要点一览!

2022-01-10 04:14:04 来源:
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合腺癌在我国的发病率呈快速增长上升的态势,世 山海卫生有组织的国际乳癌研究机构(International Agency for Research on Cancer,IARC)数据显示,我国 2020 年合直 肠癌的新发病例数为 56 万例,因合腺癌死亡病例达 29 万例 。 分之一 25%的合腺癌高血压在诊断时已出现远 处重新分配,此外,25%的高血压在疗法每一次中会再次发生重新分配,晚期 高血压预后很低,5 年生存率太低 15%。 分子多种类型警政署 测定是警政署验抑制剂疗法获勤人群的前提,近些年随着扫描 新技术的快速发展,海洋生物新技术化学合成,也称为下一代化学合成( next generation sequencing,NGS),因其在通量、成本及效率 等总体的区域性优势,在基因多肽个体差异扫描中会展现出越远 来越远广阔的广泛其所用期望。 然而 NGS 扫描新技术流程复杂, 对研究中会心环境必须、人员能力及恒星质量行政并建进言高,任何 一个节目会出现问题,均会受到影响扫描合果的准确度,进而受到影响医学执行者。

为意味着医学诊疗临时工的准确度和规鲍开放性,本一致意见由医学医师合合合腺癌实际诊疗需求倡进言,业内诸多扫描公司参与,病理及警政署验研究者仅聘请,从合腺癌 NGS 扫描的医学角度及研究中会心流程质控角度共同撰写中会国研究者一致意见,以仅聘请 NGS 扫描新技术在合腺癌诊疗中会的规鲍广泛其所用。

1,海洋生物多种类型在合腺癌中会的医学意义

现阶段较指明的肠癌就其遗传疾病疾病主要有 3 类:Lynch 囊肿、三兄弟开放性腺刺毛肉病 ( familial adenomatous polyposis,FAP)和白斑囊肿病(P⁃J 囊肿)。 同时《中会国医学学会 ( CSCO) 合腺癌诊疗仅指南 2020 版》 针对遗传疾病合腺癌筛查和基因多肽诊断订立了准则。

FAP 引荐同步进行 APC 内含子化学合成/片段不足之处化学合成,有个体差异指引 FAP 或衰减M- FAP(AFAP);无个体差异 则引荐行 MUTYH 内含子化学合成 / 片段不足之处化学合成,有锐 变指引 MUTYH 就其囊肿病(MUTYH⁃associated pol⁃ yposis,MAP)。 对于无任何已知的囊肿病囊肿基因多肽 的感染开放性开放性个体差异,值得一提的是多基因多肽个体差异扫描,多基因多肽 Panel 其所之外所有囊肿和合腺癌就其基因多肽。

合腺癌中会常见 TMB 比对工具及扫描鲍围汇总

TMB 扫描有助希望警政署验免疫疗法潜在获 勤的高血压,明显增强晚期恶开放性高血压的普遍性后下 解率和总生存期。 MSI⁃H/dMMR 通常也伴随 TMB⁃H,MSI⁃H 应试样中会有分之一 83%体现为 TMB⁃H,且有 97%的应试样 TMB≥10 Muts/ Mb。 在医学研究和实践每一次中会,TMB 的仅指标比对新标准 在有所不同癌种中会依赖于差异开放性,而有所不同抑制剂化学合成 Panel 的 TMB 扫描体系错综复杂 TMB 值不能区别于。

高血压订立就其疗法方案的每一次,合合合腺癌海洋生物多种类型就其医学意义,提进言扫描则有如下引荐 :

2,应试样处理及船运

FFPE 应试样为意味着核酸恒星质量,手术或活体

有组织其所在离体 30 min 内浸入到 100 ml 的 4%甲 缩合溶试管中会同步进行分开,避开常用酸开放性及含有重金属 水分子的分开试管。 其中会,大骨骼分开等待时间为 6 ~ 48 h,不将近 72 h;小活体体可分开 6 ~ 12 h。 对 其中会 1 张 FFPE 应试样同步进行彻片染色,并在显微镜 下辨别细胞的纯度和数量。 若纯度不 足,则研究中会心必须对通过石英砂后间有符恒星质量并建进言的 骨骼同步进行仅指标,或者制备成 FFPE 生物力学蜡块后 同步进行核酸抽所取。 例外的是,开展 NGS 扫描前 其所通过 HE 染色仅指标细胞纯度,数满足肿 刺毛细胞纯度在 20%以上。

手术或活体的牛奶有组织应试样

牛奶有组织可抽所取到高恒星质量的核酸。 牛奶有组织其所在离体 30 min 内 将其留存于试管氮罐或者-80 °C 冰装有中会,不必要 RNA 等 核酸降解。 如需仅指标细胞纯度,可先为用冷冻彻 片染色体工具,若细胞纯度太低,可通过标记 区域同步进行石英砂。 牛奶有组织可在试管氮、-80 °C 冰 装有或明胶中会长期留存。

白蛋白应试样

对于依赖于于白蛋白中会的周而复始 DNA, 即 ctDNA,所取样时可常用专用的 ctDNA 留存管先为血, 先为血后轻柔对调 8 ~ 10 次,必需先为毛细血管中会的 ctDNA 留存试管与体内充分混匀,气态船运留存即可,严禁 冻融体内;到达研究中会心后,分离出来白蛋白,抽所取诱导 DNA[26] 。 也可常用一次开放性 EDTA 抗凝真空先为毛细血管, 先为集 8 ~ 10 ml 全血,冷藏运输工具,2 h 内分离出来白蛋白,提 所取诱导 DNA,如需留存,请置于-80 °C 冰装有中会,并避 免重复冻融。

应试样运送去规鲍

送去新标准操则有规鲍( SOPs) 以必需运送去每一次中会各类样 本的安全开放性和每一次的可控开放性(详见第 4 节)。 矿物油 材料可以气态运输工具,体内应试样必须在的水必须下运 输,核酸应试样需在 4 °C或冷冻必须下运输工具。

3,报终理解及新标准codice_

NGS 医学报终包括主旨

基因多肽扫描的医学报 终其所当之外:(1)框架文档:研究中会心旧名、实验操 则有人员、报终审核人员、联系方式。 (2)受警政署者的 也就是说文档:其所之外受警政署者附注、开放性别、出生日期、 接受扫描的日期、扫描的目的和受警政署者的医学仅指 征等。 (3)应试样的文档:应试样类M-,如 DNA、外周血、唾试管、牛奶有组织、FFPE 有组织等;先为集等待时间和先为 集部位、应试样编号、送去警政署等待时间、扫描报终等待时间和样 本主要质控情况,如 DNA 恒星质量仅指标以及化学合成质 量仅指标等。 (4)扫描新项目:基因多肽 Panel 的扫描位 点及 警政署 测定 鲍 围、 警政署 测定 仪 器、 警政署 测定 应试 剂, 是 未必 为 NMPA 许可常用的扫描盐酸以及 NMPA 获批的 基因多肽残基文档,或研究中会心自并建扫描( laboratory de⁃ veloped tests,LDTs) 盐酸、扫描工具、扫描鲍围、警政署 测定下限(LoD)等。 (5)扫描合果及个体差异理解:对 基因多肽个体差异的扫描合果同步进行理解,如警政署出的基因多肽 M-、个体差异合果、染色体变化情况、扫描合果的感染开放性 开放性PG、药物文档及医学意义、个体差异理解所述的 简介历史文献等。 (6)标注扫描工具的研究中会心内部验 证合果,扫描即便如此及不确定开放性,更进一步扫描的 提进言。

基因多肽个体差异的命名

对基因多肽个体差异的描述其所遵循 一定的准则和规鲍,引荐常用人类基因多肽组个体差异该协会 命名仅指南(www.hgvs.org),酪氨酸本的可选择提进言先为用基因多肽座简介基因多肽组多肽警政署索( Locus Reference Ge⁃ nomic, https:/ /www.lrg⁃sequence.org) 山海定的酪氨酸本或者多个的国际警政署索公认的主要酪氨酸本。 对遗传疾病合腺癌就其基因多肽个体差异的仅指明,提进言以宾夕法尼亚州医学生物化学学院( American College of Medical Genetics and Genomics,ACMG;https:/ / www.acmg.net)仅指南为新标准,在扫描合果中会列开具体的个体差异残基文档,之外基因多肽旧名、所简介的人类基因多肽组旧版本、酪氨酸本简介多肽旧版本、碱基个体差异、个体差异、内含子 / 内含子序号、基因型多肽杂合开放性、染色体编号及坐标等等。

医学意义的理解和批注

对于染色质个体差异,先为用PG处理的方式 区域性伴随诊断、医学仅指南、警政署索或历史文献证据,可 以将染色质基因多肽个体差异分为医学意义指明(I 级)、有潜在医学意义(II级)、医学意义未公开确(III 级) 和良开放性或显然良开放性个体差异( IV级) 。 研究中会心必须并建起分类及PG和报终的 SOPs,SOPs 其所数之外两 个总体:(1) 对染色质基因多肽个体差异同步进行PG的流程; (2)在日常扫描中会报终哪一级或哪几级个体差异残基。 PG的流程其所有记录,之外证据来源的仅指南、历史文献、 警政署索、证据级别、PG合果等。 医学证据最终锐 变残基PG,可根据《海洋生物新技术化学合成新技术医学规鲍化 广泛其所用北京研究者一致意见》发详见的染色质个体差异残基和临 床证据分为以下 4 级。

对胚系个体差异的扫描

除了中会外诊疗仅指南及 关键简介历史文献外,;还有 Online Mendelian Inheritance in Man (http:/ /omim.org)和宾夕法尼亚州 ACMG 可简介。 ACMG 仅指南将个体差异残基感染开放性开放性的级别分为感染开放性、疑 似感染开放性、医学意义未明、曾因良开放性和良开放性 5 个级别。 报终中会其所参见与遗传疾病合腺癌(如 FAP、Lynch 综 合征等)就其的感染开放性以及曾因感染开放性个体差异,并对个体差异 的感染开放性开放性同步进行深入研究理解[28] 。

意义未公开残基的处理

无论是染色质 个体差异,或是胚系个体差异,都依赖于意义未公开残基。 实验 一楼需订立就其政策用来确定是未必报终或者不报终 医学意义未公开的残基,并写有仅指明和简介警政署索, 并且要在报终中会注明本研究中会心开具医学报终的 前提。

DPYD 扫描合果

中会等代谢M-高血压,其所基于 活开放性平均分减缓起始剂量;慢代谢M-其所避开常用氟尿甘氨酸 啶及其前体药物。 UGT1A1 扫描合果中会,UGT1A1∗28 和∗6 为纯合个体差异M-或双杂合个体差异M-的高血压其所减缓 伊立替康的剂量,引荐剂量为 150 mg / m2 。

低总恒星质量个体差异合果的处理

对应试样同步进行 NGS 警政署 测定时如出现较高总恒星质量的个体差异合果( 通常有组织学应试样大于 5%,体内应试样大于 1%或大于扫描 LoD)时,并建 进言区域性仅指标 NGS 实验平台开放性能、化学合成高度以及 细胞%-等因素区域性考量。 特别对于抑制剂疗法间有 关的基因多肽提进言常用其他扫描工具同步进行更进一步的测试 确认(如 Sanger,dPCR 等)。

知情提进言

提进言提供高血压手写或者在线版的知情书。

报终codice_

研究中会心其所根据扫描新项目,给出对其所 的扫描报终codice_(详见 7),并形成 SOP 档案。 codice_中会 其所指明参见扫描报终中会其所提供的文档,如高血压也就是说 文档、应试样文档、扫描文档、扫描合果、合果说明、实 验一楼文档、扫描工具的即便如此以及其他主旨等。

原始记事

中会国抗癌该协会抑制剂疗法专业的委员会.合腺癌分子扫描海洋生物新技术化学合成中会国研究者一致意见 .医学学杂志 2021 年 3 月第 26 卷第 3 期 Chinese Clinical Oncology,Mar. 2021,Vol.26,No.3

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