这次新型亚型如何被发现的？mNGS首功！

最重新新型乙型是如何被辨认出的？宇等位基因一组较高通量（mNGS）首当其功！当年SARS，不以为然过支原体、细菌、流感病毒等流感病毒，最后折腾了很久下才辨认出是乙型流感病毒。如今mNGS问世，忽略了病菌动物细胞学的病人新格局！这次从发病到病人，只有细细几天时间！下面就简单介绍一下mNGS.

最近三十年，一组学研究一直是热点，最早是等位基因一组学，然后是蛋白质一组学，如今新兴一组学领域则是被认为最有充满信心的宇等位基因一组学（Metagenomics）。宇等位基因一组学（Metagenomics）又叫动物细胞生态等位基因一组学、元等位基因一组学，通过单独从生态样品当中浓缩全部动物细胞的DNA或RNA，相结合宇等位基因一组日文版，利用等位基因一组学的研究策略研究生态样品所包含的全部动物细胞的遗传一组成、群落新功能，并可开发新重新生理活连续性物质（或赢取新等位基因）。

2014年新英格兰篇文章报导了一个通过宇等位基因一组专用监测自愈了一位状况不明、反复发热、不具癫痫及脑积水疼痛的14岁小女孩的案例，这是历史上首个宇等位基因一组医学系统设计急于的案例。文章报导这个常规疗程及病菌侵入连续性都没有确诊状况，随后对脑脊盐酸结果显示mNGS侵入连续性，结合微生物讯息学研究结果辨认出一种可疑的致病菌leptospira infection，随后针对连续性地系统设计于抗生素和头孢吡肟疗程后出院。该团队认定这是一种尚未报导过的病菌动物细胞。由此，医学宇等位基因一组正式应运用于动物细胞病人拉开了帷幕。概要见：NEJM：新一代较高通量技术补救危重病小女孩

随着等位基因较高通量技术的迅猛发展，基于二代较高通量的宇等位基因一组学（宇等位基因一组较高通量）成为了医学的关注点。宇等位基因一组较高通量（mNGS）是总合研究来自患儿结果显示的动物细胞和体内的等位基因物质（DNA和RNA）的原理，应运用于多种流感病毒连续性疾病的病人、疾病和肥胖疼痛态下动物细胞学研究、人类体内反应对流感病毒传播的构造化、识别相关流感病毒。宇等位基因一组较高通量（mNGS）描述了结果显示当中长期存在的所有DNA或RNA讯息，从而并能研究整个动物细胞一组以及患儿结果显示当中的人类体内等位基因一组或转录一组，让致病动物细胞无所遁形。

在医学流感病毒连续性免疫揭示的每一次当中，医学牙医时常就会遭遇新发免疫不一定想不到、疑难流感病毒免疫没明白、或者由于监测技术受限明白没监测到的陷入困境，这两项的医学专用病人原理与医学的迫切无需求之间还长期存在着前所未见的两河。而mNGS (宇等位基因一组学二代较高通量技术) 在“理论上”并能回答医学牙医的上述疑问，这两项已彻底解决医学流感病毒连续性疾病诊治的其余部分困难。

mNGS作为一种不无需培植的新型技术，可以深入快速鉴别流感病毒免疫，相比传统文化培植原理拥有更较高敏感连续性的同时又与“精准诊疗”的理念相奇特。Gyarmati 等在2016年发表的一篇文献当中提到，mNGS可以单独从尿盐酸结果显示当中鉴别必须培植的、苛养的以及非细菌 (流感病毒和霉菌) 免疫。除此之外，mNGS可以运用于黄热病预防，不具单独从医学结果显示当中获的免疫传播线索的潜力。2014年，Hasman等提到mNGS可运用于尿盐酸结果显示当中免疫以及抗药性等位基因的监测，而且不仅抗药性等位基因的监测结果与药敏实验者明确，也与基于纯培植物的全等位基因一组较高通量 (S) 的变异研究结果相匹配。越来越多的案例以及医学研究提到mNGS运用于医学病人的必要连续性以及诸多战术上，使得mNGS成为完美免疫病人原理的“热门参选者”。

mNGS有哪些用途呢？

下面这张图很好地概括和却说明了。二代较高通量不仅可以运用于病菌学监测，也可以在病菌培植后做厚度的二代较高通量，甚至全等位基因一组研究。现在主要运用于医学的还是医学新种病菌学监测，通过监测可以知道新种当中含有的免疫。如果较高通量量并能进一步打破，它除了可以把新种当中里所有动物细胞的遗传物质测出来外，也可以把化学物质表达的所有RNA测出来，设法实为定定植或者流感病毒。比如铜绿实为单胞菌测出来后，化学物质有没有针对它产生炎症反应，还可以实为定是定植还是流感病毒，但迄今还在探讨阶段，尚常规未运用于医学。

对于混合成流感病毒，mNGS也有天然的战术上

对于混合成流感病毒的病人，与传统文化原理相比，NGS不具更较高的敏感连续性。

然而，在踏出光辉坦途，为医学缺少“全方位”彻底解决方案先前，mNGS仍有一段崎岖小路无需艰难行进。首先，遭遇尿盐酸、痰盐酸、脑脊盐酸、一组织、拭子等纷纷杂杂的新种类别，如何创建统一的遗传物质浓缩规范使得免疫的监测效能最大但就会遇到困难。体内遗传物质也是干扰免疫监测的正因如此环境因素，在遗传物质浓缩即场，怎么样做到合理去除体内遗传物质，可溶连续性免疫遗传物质，进而提较高mNGS的准确度也是困扰之一。

在较高通量即场，如何依据关心的免疫类别为了让合适的较高通量策略？如何权衡较高通量厚度、交付时间以及所无需农业生产成本等诸多环境因素？这些弊端依然是这两项面临的前所未见的考验。

另外，在实验者即场转到质控结果显示不可或缺。完美的质控应适运用于有所不同流感病毒症候群以及完全明确的各种结果显示类别，包含白血病质控、单数质控以及转到病害或纯DNA的人工模拟质控结果显示。然而，mNGS全面散布的原理学特连续性为也就是却说何种病害作为白血病质控增加了重复连续性，医学实践当中又该如何借助经过审批的大批量单数依此结果显示也是弊端之一。

在微生物讯息总体，近年有研究风险评估了有所不同的生信研究原理的利弊。这两项的原理不仅正则表达式长期存在差异连续性，而且所用的数据库系统也各有有所不同，造成了在免疫鉴别意志力以及相对丰度近似值总体经常出现差别。在mNGS生信研究流程不够统一规范的前提，系统设计于者基于个人经验、可及连续性以及简便连续性选用生信研究软件，就会对实验者重复连续性以及结果可靠连续性造成影响，成为mNGS的医学规范化障碍。

因此，该研究重点关心遗传物质浓缩和微生物讯息研究两个重要即场，对比风险评估三个人源体内去除阴离子盒 (Ultra-Deep Microbiome Prep 、QIAamp DNA Microbiome Kit、Micro-DXTM) 以及多种这两项商用或非商用微生物讯息工具的利弊。

人类学家采集9个体盐酸 (粘盐酸盐酸、脓盐酸、肌腱盐酸、痰盐酸) 结果显示和1个骨一组织新种顺利进行较高通量，以后分别系统设计于有所不同的微生物讯息软件比如基于Unix系统 (Kraken、Metaphlan2和MIDAS)、基于网页版的商用或非商用 (BaseSpace、Taxonomer和CosmosID) 研究软件与商用系统软件 (CLC genomics Workbench)。他们辨认出有所不同结果显示的起飞前比特率及人源序列占比差异连续性较大 (3.5%-98.9%)，其当中人源占比与结果显示类别无关，与每个结果显示自身的特连续性以及去体内阴离子盒的效率有关。

本文章涉及的mNGS生信研究软件

以培植或MALDI-TOF为金规范，人类学家风险评估近似值了每种研究软件的免疫鉴别给定以及其完全明确的白血病、实为白血病、敏感连续性等值。在医学实践当中，技术无只能同时具备不具较高敏感连续性和较高白血病预测值 (PPV)。系统设计于Kraken和Taxonomer这两个流行的软件可以看着其监测到数十到数百种动物细胞，近似值赢取的PPV极高。虽然设置阈值过滤对彻底解决这一弊端有益，但阈值究竟设置为多少仍长期存在争论。另外，软件无需总合系统设计于多个值，如相对丰度、等位基因一组体积、等位基因一组散布率等专用病害的鉴别。

人类学家也在单数质控结果显示当中警测1%的人苍白杆菌，他们研究苍白杆菌的警测或许是生态或结果显示间的污染、较高通量阴离子引入或微生物讯息研究的直观比对等状况造成了。背景菌的弊端也在多个研究当中被提及，这些警测的免疫在结果显示当中是否真实长期存在？污染、定植还是致病如何对应？技术研发职员，微生物讯息职员、动物细胞专家学者以及医学牙医也面临着急剧升级的考验。总结却说来，迄今mNGS的医学系统设计面临如下四个考验：

遭遇如上的考验，我们也遭遇了一系列的疑问。编者本期搜罗了两个关于mNGS医学专家学者常就会问到的弊端，从这两项技术发展的出发点出发，所述如下的尝试连续性解答。

为什么有些结果显示培植白血病了、遗传物质监测白血病了、mNGS没有警测来？这个技术是不是不行？

任何医学监测都要考虑卫生农业生产成本，这也是技术mNGS的考量环境因素之一，使得迄今mNGS农业生产成本与准确度之间无只能权衡。医学结果显示不具颇为较高的复杂连续性，而且很多免疫流感病毒后酸度很低或用药后样本造成了病菌数量降低，在限定比特率的前提，靶病菌由于讯息太少而被丢失。

由于这些考验带给的监测受限，不一定就就会促使医学牙医形成重新认识受限，所以我们听见医学牙医对mNGS新功能的不认可的声音。虽然扩大比特率是行为之一，但在卫生农业生产成本的限定下总有但就会。通过可溶连续性病害，加大较高通量比特率，进而提较高准确度；监测长片段，进而提较高抗体是我们与医学迄今以及未来携手努力的方向。

医学牙医不时反馈mNGS监测结果是一个免疫沙罗，到底哪个或哪几个病菌才是元凶？

多个病菌的警测主要如下两个总体状况：

mNGS技术正则表达式长期存在细序列直观比对，尤其针对其余部分同源连续性很较高的哺乳动物，因此其在这类同源连续性很较高的哺乳动物当中分类意义就打了折扣。如何彻底解决一个细序列同时比较到多种免疫弊端呢？迄今我们的研发职员正在快速的开发新构造等位基因数据库系统，多给定据库的启用将就会进一步提较高病害的准确比对意志力。

多病菌共流感病毒、 原发流感病毒与继发流感病毒的多病菌流感病毒或呼吸道唾液，肠道唾液开放框架本身的动物细胞多样连续性等状况将就会造成了多种免疫警测。这显然不是技术本身受限，而是医学医学弊端。培植原理、质谱仪原理、多重PCR原理也就会警测多个免疫，最终的病人结论无只能有医学病人的相关讯息介入、也无只能医学流感病毒牙医的携手参与，必须仅靠监测彻底解决一切弊端。在充分重新整理报告的前提，多免疫沙罗展示的战术上作用在于一总体缺少或许的合理线索，另一总体当有准确直观的医学讯息时可以专用医学病人。

对于mNGS来却说，可以却说为病菌学病人又开启了一扇重新窗户，我们一定要巧妙的实践，要明了它的战术上和缺点，但是拿回结果时要小心追问，受制于新基础连续性。

原始出处：

Couto, N., Schuele, L., Raangs, E. C., Machado, M. P., Mendes, C. I., Jesus, T. F., ... & Autenrieth, I. B. (2018). Critical steps in clinical shotgun metagenomics for the concomitant detection and typing of microbial pathogens. Scientific reports, 8(1), 13767.

Gyarmati, P. et al. Metagenomic ysis of bloodstream infections in patients with acute leukemia and therapy-induced

neutropenia. Sci. Rep. 6, 23532 (2016).

Hasman, H. et al. Rapid whole-genome sequencing for detection and characterization of microorganisms directly from clinical